菌袋在室內培養期間要翻堆4～5次，第1次在接種后6～7天，以后每隔7～10天翻堆一次。翻袋時(shí)認真檢查雜菌，及時(shí)處理。 輕度污染只在菌袋扎口處或褶皺處出現零星點(diǎn)狀或絲狀的雜菌小菌落，沒(méi)有蔓延的可用注射針筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害處，并用手指輕輕按摩表面，使藥液浸入雜菌體內，然后用膠布粘住注射口。 

接種穴污染雜菌侵入接種穴，而菌絲還處于生長(cháng)階段，對香菇菌絲生長(cháng)影響不太大的菌袋，可先用5%～10%的石灰水上清液，后用50%多菌靈溶液抹涂患處，但要避免涂到香菇菌絲。如發(fā)現死菌的，應在無(wú)菌條件下重新接種。 嚴重污染菌袋基本遍布雜菌花斑點(diǎn)，應采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液悶堆一夜，攤開(kāi)后曬干，重新配料，裝袋滅菌，再接種培養。